Trong sự nghiệp công tác là một nhà khoa học đóng góp cho nghiên cứu, hoạt động hàng không vũ trụ Trung Quốc, Viên Gia Quân đã hoàn thành nhiều nhiệm vụ được giao, đặc biệt là Tổng chỉ huy tàu vũ trụ đầu tiên đưa người vào không gian của Trung Quốc. Ông nhận được nhiều giải thưởng vinh danh:[2]

• Năm 1998, Viên Gia Quân được Quốc vụ viện Cộng hòa Nhân dân Trung Hoa cấp trợ cấp đặc biệt cho công vụ viên.
• Năm 2000, ông được trao danh hiệu Mười thanh niên xuất sắc nhất toàn quốc. Trong cùng năm đó, ông đã được trao Giải thưởng đóng góp xuất sắc cho Cuộc thử nghiệm bay đầu tiên của Kỹ thuật vũ trụ có người lái của Bộ Tổng trang bị của Giải phóng quân Nhân dân Trung Quốc.
• Năm 2001, ông nhận giải thưởng Nhà lao động khoa học ưu tú toàn quốc.
• Năm 2003, ông nhận giải thưởng thành tựu xuất sắc Trung Quốc.
• Ông đã được trao giải Thành tựu nổi bật, Giải thưởng Khoa học và Công nghệ Thanh niên Trung Quốc năm 2004.
• Năm 2008, ông nhận Giải thưởng Quỹ không gian có người lái Cơ Kim (基金奖). Ông đạt giải đặc biệt về tiến bộ khoa học công nghệ cấp quốc gia, một giải nhất, một giải nhì chủ đề tiến bộ khoa học quốc phòng Trung Quốc.
• Vào tháng 07 năm 2006, ông được bầu làm Viện sĩ của Viện Du hành vũ trụ quốc tế (International Academy of Astronautics).[30]